SARS冠状病毒基因组突变初步分析

背景：SARS-Cov S蛋白（Spike protein）是SARS-Cov的一个重要结构蛋白，它在病毒侵入宿主细胞时发挥作用。它结构上的差异直接影响病毒的侵袭力和毒力的强弱。

目的：通过对已知的9个不同基因组来源的SARS-Cov S蛋白（TOR2，HKU-39849，CUHK-W1，Urbani，GZ01，BJ01，BJ02，BJ03，BJ04）的基因序列进行比对分析，试图寻找该蛋白的保守区、变异区、分析该蛋白存在的SNPs以及该蛋白的Phylogenic Tree。为下一步对S蛋白功能、病毒侵袭力、毒力以及病毒起源的预测提供依据。　

方法与结果：运用ClustalW进行多序列比对（见结果-1），根据比对结果计算同一位点相同核苷酸出现频度（结果-2）、Q值（Figure1）（Q值：不同序列在同一位点上核苷酸含量的最大值，反映该位点相同核苷酸出现频度）和phylogenic Tree（Figure2）。

讨论：通过比对，如果忽略测序的错误，我们在S蛋白的基因序列上找到了105个可能的SNPs（结果-2），对于一条全长3799的基因来说，S蛋白的基因在目前已测序的基因组序列中是比较保守的，这也是目前世界各地SARS发病的进程和症状没有很大差异的可能原因之一。根据Phylogenic Tree的结果不难看出，这几条参与比对的序列并不随地区的差异而呈现在Phylogenic Tree中的表现差异。如果将这种差异完全归咎于感染人员的流动的话，考虑上各地报道个案发生时间，可以推测多伦多感染可能源自香港，北京的感染可能源自广州（详见Figure2）。　