背景：自4月26日CMBI开始对SARS-Cov开始系列分析以来，我们一直关注SARS-CoV突变的改变迁移。随着各地不断向GenBank提交SARS-Cov的基因组序列，目前已经有12条全基因组序列为GenBank所收录。

方法与结果：我们对以往的分析结果进行比较，并对这12条全基因序列进行了比对（详见Figure1）。到4月21日，GenBank收录有两条SARS-CoV全基因组序列（TOR2，Urbani），通过比对这两条序列，一共发现7个核苷酸替换，有4个可以导致有意突变。到5月1日时，GenBank已经收录了5条SARS-CoV全基因组序列（除外前面两条，有增加BJ01，HKU-39849，CUHK-W1 ），此时核苷酸替换已达31个，其中21个可以导致有意突变。到5月13日，GenBank已经收录SARS-CoV全基因组序列已达12条，核苷酸替换已达42个，28个可导致有意突变（详见Table1）。各时间段有意突变在Rep、S、M、E、N上的表现情况如Figure1所示。

讨论：从分析结果看出，随着提交序列的增加，更多的突变会被发现，这些突变是已经存在而没有被发现抑或是才出现现在还不能下结论。由图看出增长曲线后期已经趋于平缓，这也从一个侧面反映SARS-CoV是一个相对稳定的病毒。近期WHO报道了香港淘大花园发病机制异于内地，我们分析了香港提交的基因组序列，并没有发现与其它地区有明显差别，这可能是已提交的序列样本并不是来自香港淘大花园病患，或者是病毒行为还有一些特异而不为人知的地方。敬请关心CMBI后续报道。

Figure1 Mutation Movement Status Table1 Non-synonymous Mutation distribution

position in nt position in amino acid TW1 (台湾) Urbani (美国) HKU-39849 (香港) SIN2748 (新加坡) SIN2500 (新加坡) SIN2774 (新加坡) SIN2677 (新加坡) SIN2679 (新加坡) TOR2 (加拿大) CUHK-Su10 (香港) CUHK-W1 (香港) BJ01 (北京) 7919 2552 C(Ala) T(Val) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) 7930 2556 G(Asp) G(Asp) A(Asn) G(Asp) G(Asp) G(Asp) G(Asp) G(Asp) G(Asp) G(Asp) G(Asp) G(Asp) 8387 2708 G(Ser) G(Ser) C(Thr) G(Ser) G(Ser) G(Ser) G(Ser) G(Ser) G(Ser) G(Ser) G(Ser) G(Ser) 8417 2718 G(Arg) G(Arg) C(Thr) G(Arg) G(Arg) G(Arg) G(Arg) G(Arg) G(Arg) G(Arg) G(Arg) G(Arg) 8572 2770 G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) G(Val) T(Leu) 9404 3047 T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) C(Ala) C(Ala) 9479 3072 T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) T(Val) C(Ala) T(Val) 9854 3197 C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) T(Val) 13494~95 33 GT(Val) GT(Val) AG(Ser) GT(Val) GT(Val) GT(Val) GT(Val) GT(Val) GT(Val) GT(Val) GT(Val) GT(Val) 17564 1398 T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) T(Asp) G(Glu) G(Glu) 18282 1629 C(Leu) C(Leu) C(Leu) C(Leu) C(Leu) C(Leu) C(Leu) A(Ile) C(Leu) C(Leu) C(Leu) C(Leu) 19084 1896 C(Thr) C(Thr) C(Thr) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) C(Thr) C(Thr) C(Thr) C(Thr) C(Thr) 21721 77 G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) A(Asp) A(Asp) 22222 244 T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) T(Ile) C(Thr) C(Thr) 23220 577 T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) G(Ala) T(Cys) T(Cys) T(Cys) 25298 11 G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) A(Arg) G(Gly) G(Gly) G(Gly) 25569 101 T(Met) T(Met) A(Lys) T(Met) T(Met) T(Met) T(Met) T(Met) T(Met) T(Met) T(Met) T(Met) 25673 136 A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) A(Lys) C(Gln) 26050 121 A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) A(Gln) C(Pro) 26428 11 G(Glu) G(Glu) G(Glu) G(Glu) A(Lys) G(Glu) G(Glu) G(Glu) G(Glu) G(Glu) G(Glu) G(Glu) 26477 27 T(Phe) T(Phe) T(Phe) T(Phe) T(Phe) T(Phe) T(Phe) T(Phe) T(Phe) G(Cys) T(Phe) T(Phe) 26600 68 C(Ala) C(Ala) T(Val) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) C(Ala) 26857 154 T(Ser) C(Pro) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) T(Ser) 27111 13 A(Glu) A(Glu) A(Glu) A(Glu) A(Glu) A(Glu) G(Gly) A(Glu) A(Glu) A(Glu) A(Glu) A(Glu) 27243 57 C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) C(Pro) T(Leu) 27827 17 T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) T(Cys) C(Arg) C(Arg) 28696 193 G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) G(Gly) T(Cys) G(Gly) G(Gly)

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2003-5-18