SARS冠状病毒基因组突变分析补遗

张其鹏，石磊，芮伟，卢铭
(北京大学医学部生物信息组 100083)

背景：Chinese Science Bulletin 昨日（2003-5-3）发文A complete sequence and comparative analysis of strain (BJ01) of the SARS-associated virus[1]，表明中国已经获得了SARS-Cov的基因组完整序列。我们比较了BJ01c(SARS coronavirus BJ01, complete genome/gi:30275666|AY278488.2)与早些时候提交到GenBank的BJ01p（SARS coronavirus BJ01, partial genome/gi:30027614|AY278488）发现两者有一定区别。这提示我们之前关于SARS-Cov基因序列变异和SNPs个估计可能应测序的错误有所偏差。 　

目的：通过对目前已经为世界公认的5株SARS-Cov基因组（Tor2, BJ01, Urbani, CUHK-W1,HKU-39849）的重新比对，对照原来的分析结果，从而对前文的结论做出修正。　

方法与结果：经我们对序列的重新比对，发现运用与前文完全的方法，不考虑（GZ01，BJ01p，BJ02p，BJ03p，BJ04p）话，S protein编码序列全长3768bp(Tor2:21492..25259)可能的SNPs的数量减少到4个（A230G, T731C,T1729G,C3381T），而翻译后（EMBOSS Transeq, Frame=1,Forward）, 发现在蛋白序列上有三个点突变G77D，I244T，S577A，它们分别由A230G, T731C,T1729G引起，而C3381T则未引起蛋白序列的改变（CTC－>CTT: L），详见结果-1。我们还比较了BJ02p,Tor2, BJ01, Urbani, CUHK-W1,HKU-39849编码S protein的cds发现，发现BJ02P与其他五条基因有明显差异，体现在Ins296C，Ins765G，详见结果-2　

结论：根据比对结果，我们可以认为SARS-Cov 的S protein在这几株中表现出了较高的保守性，而且蛋白上的变异集中在序列的前半段，这与对其他冠状病毒S蛋白的研究结果相吻合（研究表明S protein 的S2较S1有较高的保守性[2]），而集中在S1上的这3个突变，对于单个氨基酸残基来说都有很大的理化性质改变，我们推测这3个突变可能会影响S protein的空间构象，从而影响其功能，影响病毒的侵袭力和毒力。

参考文献：

  1. QIN E’de et al. A complete sequence and comparative analysis of strain (BJ01) of the SARS-associated virus. Chinese Science Bulletin ISSN:1001-6538 2003 Vol.48 No.10 941-948
  2. Paul A. Rota et al. Characterization of a Novel Coronavirus Associated with Severe Acute Respiratory Syndrome. Science Express/ www.sciencexpress.org / 1 May 2003 / Page 1/ 10.1126/science.1085952

 

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2003-5-4