Result of leader protein

The Putative Secondary Structure of the putative E2 glycoprotein

1.氨基酸组成:(%)

%A: 6.8	%C: 3.1	%D: 5.8	%E: 3.4	%F: 6.6	%M: 1.6	%N: 6.5	%P: 4.5	%Q: 4.4	%R: 3.1
%G: 6.3	%H: 1.2	%I: 6.2	%K: 4.8	%L: 7.9	%S: 7.6	%T: 7.9	%V: 7.2	%W: 0.9	%Y: 4.3

2.Helix,Sheet等的预测结果:

方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)

结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里

Fig1.Helix,Strand预测结果

3.Motif预测:

方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.

结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.

N-glycosylation site	cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site	N-myristoylation site
29 NYTQ 65 NVTG 73 NHTF 109 NKSQ 118 NNST 158 NCTF 227 NITN 269 NGTI 318 NITN 330 NATK 357 NSTF 589 NASS 602 NCTD 691 NNTI 699 NFSI 783 NFSQ 1056 NFTT 1080 NGTS 1116 NNTV 1140 NHTS 1155 NASV 1176 NESL	343 KKIS	86 GIYFAA 104 GSTMNN 225 GINITN 246 GTSAAA 298 GIYQTS 368 GVSATK 418 GCVLAW 531 GLTGTG 587 GTNASS 634 GCLIGA 653 GAGICA 682 GADSSI 739 GSFCTQ 862 GTATAG 871 GAGAAL 890 GIGVTQ 953 GAISSV 1113 GIINNT 1153 GINASV 1228 GACSCG
Protein kinase C phosphorylation site	Tyrosine kinase phosphorylation site	Casein kinase II phosphorylation site
36 SMR 92 TEK 173 SEK 215 TLK 289 SVK 363 TFK 541 SSK 561 SVR 670 SQK 775 TLK 795 TKR 980 TGR 1019 SKR 1087 TQR 1129 SFK	188 KNKDGFLY 715 KTSVDCNMY	12 SGSD 20 TTFD 271 TITD 561 SVRD 644 TSYE 716 TSVD 798 SFIE 809 TLAD 964 SRLD 1118 TVYD 1129 SFKE 1142 TSPD 1178 SLID

4.穿膜片断预测结果

这是用The PredictProtein Server预测二阶结构的结果之一,下表列出了可能的穿膜片断以及整个肽链在膜内和膜外的分布情况.由于以下是序列扫描以后的结果,所有有些非膜蛋白也有可能被预测为有穿膜序列.

Positions	Segments	Explain
1- 1196	i1	inside region 1
1197- 1218	M1	membrane helix 1
1219- 1255	o1	outside region 1

具体的预测结果请参考这里

5.信号肽预测

方法:由于putative S protein和人冠状病毒(human coronavirus)的S蛋白一些domain有同源,推断putative S protein可能和人冠状病毒S蛋白一样具有一个信号肽序列.用网上公开的信号肽预测软件SignalP扫描整个序列,发现一个很有可能的信号肽序列.具体预测结果参见这里

参考文献:

1.PHD: predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks.

2.Prediction of protein secondary structure at better than 70% accuracy

3.Topology prediction for helical transmembrane proteins at 86% accuracy

4.The PROSITE database, its status in 1999.