The
Putative Secondary Structure of putative small envelope protein E |
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| 1.氨基酸组成:(%) |
| %A: 5.3
| %C: 4.0
| %D: 1.3
| %E: 4.0
| %F: 5.3 |
%M: 1.3
| %N: 6.6
| %P: 2.6
| %Q: 0.0
| %R: 2.6 |
| %G: 2.6
| %H: 0.0
| %I: 4.0
| %K: 2.6
| %L: 18.4 |
%S: 9.2
| %T: 6.6
| %V: 18.4
| %W: 0.0
| %Y: 5.3
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| 2.Helix,Sheet等的预测结果: |
| 方法:向The
PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost
B(1996) |
| 结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里 |
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Fig1.Helix,Strand预测结果 |
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| 3.Motif预测: |
| 方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif. |
| 结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列. |
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N-glycosylation site |
48 NVSL
66 NSSE
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| 4.穿膜片断预测结果 |
| 这是用The
PredictProtein Server预测二阶结构的结果之一,下表列出了可能的穿膜片断以及整个肽链在膜内和膜外的分布情况.由于以下是序列扫描以后的结果,所有有些非膜蛋白也有可能被预测为有穿膜序列. |
| Positions
| Segments
| Explain |
| 1- 16
| o1
| outside region 1 |
| 17- 41
| M1
| membrane helix 1 |
| 42- 45
| i1
| inside region 1 |
| 46- 63
| M2
| membrane helix 2 |
| 64- 76
| o2
| outside region 2 | |
| 具体的预测结果请参看这里 |
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| 参考文献: |
| 1.PHD:
predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks. |
| 2.Prediction
of protein secondary structure at better than 70% accuracy |
| 3.Topology
prediction for helical transmembrane proteins at 86% accuracy |
| 4.The
PROSITE database, its status in 1999. |
