The Putative Secondary Structure of putative uncharacterized protein
 
1.氨基酸组成:(%)
%A: 6.6 %C: 4.9 %D: 1.6 %E: 6.6 %F: 8.2 %M: 0.8 %N: 1.6 %P: 4.9 %Q: 4.1 %R: 4.9
%G: 3.3 %H: 3.3 %I: 5.7 %K: 4.9 %L: 13.1 %S: 5.7 %T: 9.8 %V: 5.7 %W: 0.0 %Y: 4.1
 
2.Helix,Sheet等的预测结果:
方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)
结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里
Fig1.Helix,Strand预测结果
 
3.Motif预测:
方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.
结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.
 
cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site
Protein kinase C phosphorylation site
Casein kinase II phosphorylation site
 N-myristoylation site
 Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site
118 KRKT
 83 SPK
116 TIK
 13 TSCE

38 GTYEGN
70 GTRHTY
 5 LFLTLIVFTSC
57 TCTSTHFAFAC
 
4.穿膜片断预测结果
这是用The PredictProtein Server预测二阶结构的结果之一,下表列出了可能的穿膜片断以及整个肽链在膜内和膜外的分布情况.由于以下是序列扫描以后的结果,所有有些非膜蛋白也有可能被预测为有穿膜序列.
Positions Segments Explain
1- 98 o1 outside region 1
99- 116 M1 membrane helix 1
117- 122 i1 inside region 1
具体的预测结果请参看这里
 
参考文献:
1.PHD: predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks.
2.Prediction of protein secondary structure at better than 70% accuracy
3.Topology prediction for helical transmembrane proteins at 86% accuracy
4.The PROSITE database, its status in 1999.