The Putative Secondary Structure of putative uncharacterized protein
 
1.氨基酸组成:(%)
%A: 8.2 %C: 0.0 %D: 6.1 %E: 5.1 %F: 2.0 %M: 5.1 %N: 4.1 %P: 8.2 %Q: 8.2 %R: 5.1
%G: 3.1 %H: 1.0 %I: 5.1 %K: 3.1 %L: 11.2 %S: 6.1 %T: 8.2 %V: 9.2 %W: 0.0 %Y: 1.0
 
2.Helix,Sheet等的预测结果:
方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)
结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里
Fig1.Helix,Strand预测结果
 
3.Motif预测:
方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.
结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.
 
N-glycosylation site
Protein kinase C phosphorylation site
 N-myristoylation site
Casein kinase II phosphorylation site
4 NQTN
 96 TAK
 32 GQGQNS
50 GSQLSL
 25 TRME
84 TTEE
 
 
参考文献:
1.PHD: predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks.
2.Prediction of protein secondary structure at better than 70% accuracy
3.Topology prediction for helical transmembrane proteins at 86% accuracy
4.The PROSITE database, its status in 1999.