The Putative Secondary Structure of the putative coronavirus nsp5
 
1.氨基酸组成:(%)
%A: 14.1 %C: 1.0 %D: 6.6 %E: 4.5 %F: 2.0 %M: 4.5 %N: 7.1 %P: 3.0 %Q: 5.6 %R: 3.5
%G: 2.0 %H: 0.0 %I: 4.5 %K: 7.6 %L: 9.1 %S: 7.1 %T: 6.1 %V: 7.1 %W: 1.0 %Y: 3.5
 
2.Helix,Sheet等的预测结果:
方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)
结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里
Fig1.Helix,Strand预测结果
 
3.Motif预测:
方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.
结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.
 
N-myristoylation site
Casein kinase II phosphorylation site
Protein kinase C phosphorylation site
136 GTYKNT
144 GNTFTY		 17 TAQE
47 SEFD
 137 TYK
 
4.穿膜片断预测结果
这是用The PredictProtein Server预测二阶结构的结果之一,下表列出了可能的穿膜片断以及整个肽链在膜内和膜外的分布情况.由于以下是序列扫描以后的结果,所有有些非膜蛋白也有可能被预测为有穿膜序列.
Positions Segments Explain
1- 112 i1 inside region 1
113- 130 M1 membrane helix 1
131- 198 o1 outside region 1
具体的预测结果请参看这里
 
参考文献:
1.PHD: predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks.
2.Prediction of protein secondary structure at better than 70% accuracy
3.Topology prediction for helical transmembrane proteins at 86% accuracy
4.The PROSITE database, its status in 1999.