Result of leader protein

The Putative Secondary Structure of the putative coronavirus nsp9

1.氨基酸组成:(%)

%A: 7.4	%C: 3.3	%D: 7.8	%E: 3.6	%F: 5.9	%M: 2.9	%N: 6.0	%P: 3.2	%Q: 2.9	%R: 4.6
%G: 4.9	%H: 3.0	%I: 3.4	%K: 5.3	%L: 9.0	%S: 5.4	%T: 5.9	%V: 8.2	%W: 1.0	%Y: 6.2

2.Helix,Sheet等的预测结果:

方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)

结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里

Fig1.Helix,Strand预测结果

3.Motif预测:

方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.

结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.

N-glycosylation site	Casein kinase II phosphorylation site	Protein kinase C phosphorylation site
647 NLSH 911 NTSR	26 TSTD 123 TMAD 141 TLKE 255 SHMD 367 SFKE 433 SSVE 451 SDYD 462 TMCD 520 SYED 607 SDVE 681 SSGD 801 TETD	141 TLK 363 SSR 367 SFK 409 TVK 531 TKR 549 SAK 567 TNR 591 TSK 649 SHR 778 SIK 912 TSR
N-myristoylation site	cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site	Tyrosine kinase phosphorylation site
13 GVSAAR 23 GTGTST 137 GNCDTL 352 GVVHNQ 485 GGCINA 559 GVSICS 596 GGWHNM 678 GGTSSG 712 GNKIAD 774 GLVASI	73 KRHT 391 KRTT	288 KYWDQTY 513 RLYYDSMSY 726 RLYECLY 821 KQGDDYVY 914 RYWEPEFY
	Lipocalin signature
	590 GTSKFYGGWHNM

参考文献: