Result of leader protein

The Putative Secondary Structure of the putative coronavirus nsp10

1.氨基酸组成:(%)

%A: 7.7	%C: 4.3	%D: 4.8	%E: 3.8	%F: 4.0	%M: 1.3	%N: 5.0	%P: 5.0	%Q: 3.0	%R: 5.0
%G: 5.3	%H: 2.0	%I: 5.0	%K: 5.7	%L: 8.3	%S: 6.7	%T: 8.3	%V: 8.7	%W: 0.5	%Y: 5.7

2.Helix,Sheet等的预测结果:

方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)

结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里

Fig1.Helix,Strand预测结果

3.Motif预测:

方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.

结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.

N-glycosylation site	Casein kinase II phosphorylation site	Protein kinase C phosphorylation site
102 NVTD 257 NISD 349 NSTL	125 TCTE 153 TVRE 159 SDRE 350 STLE 366 TTAD 380 TNYD 539 SEYD 577 SDRD 588 TSLE	13 SLR 38 SHK 74 SHK 127 TER 137 TLK 144 TFK 153 TVR 159 SDR 216 TYK 286 TGK 301 SAR 440 TCR 577 SDR
N-myristoylation site	ATP/GTP-binding site motif A (P-loop)	Tyrosine kinase phosphorylation site
54 GCDVTD 87 GQVFGL 251 GLYPTL 285 GTGKSH	282 GPPGTGKS	414 KGTLEPEY

4.穿膜片断预测结果

这是用The PredictProtein Server预测二阶结构的结果之一,下表列出了可能的穿膜片断以及整个肽链在膜内和膜外的分布情况.由于以下是序列扫描以后的结果,所有有些非膜蛋白也有可能被预测为有穿膜序列.

具体的预测结果请参看这里

参考文献: