Result of leader protein

The Putative Secondary Structure of the putative coronavirus nsp11

1.氨基酸组成:(%)

%A: 6.3	%C: 4.4	%D: 6.3	%E: 3.4	%F: 5.7	%M: 2.5	%N: 5.5	%P: 4.7	%Q: 3.4	%R: 4.2
%G: 5.9	%H: 4.0	%I: 4.7	%K: 5.7	%L: 7.2	%S: 5.3	%T: 6.1	%V: 8.3	%W: 1.9	%Y: 4.5

2.Helix,Sheet等的预测结果:

方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)

结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里

Fig1.Helix,Strand预测结果

3.Motif预测:

方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.

结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.

N-glycosylation site	Casein kinase II phosphorylation site	Protein kinase C phosphorylation site
3 NVTG 129 NNTE 228 NHSV	75 TREE 219 TSSD 255 SNHD 372 THHD 450 SPCE 461 SDID	50 TYR 173 TLK 178 SDR 194 SMK 357 SDK
N-myristoylation site	cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site	Tyrosine kinase phosphorylation site
17 GLHPTQ 93 GCHATR 156 GLPWNV 251 GNLQSN 333 GNPKAI 413 GCDGGS 480 GGAVCR	212 KRAT	362 KIEELFY

参考文献: