The Putative Secondary Structure of the putative coronavirus nsp13
 
1.氨基酸组成:(%)
%A: 7.0 %C: 1.3 %D: 5.4 %E: 3.4 %F: 3.7 %M: 4.0 %N: 7.4 %P: 3.4 %Q: 3.4 %R: 3.4
%G: 6.4 %H: 2.0 %I: 6.0 %K: 6.4 %L: 10.4 %S: 7.0 %T: 6.0 %V: 6.4 %W: 2.4 %Y: 4.7
 
2.Helix,Sheet等的预测结果:
方法:向The PredictProtein server提交多肽序列.预测实现方法参见Rost B(1996)
结果:结果包括两个部分,Fig1为图象化以后的结果图,直接的预测结果请参看这里
image
Fig1.Helix,Strand预测结果
 
3.Motif预测:
方法:在prosit中通过序列比对,找到蛋白中可能含有的序列的motif.
结果:下表中列出了改序列中可能含有的motif.其中,数字表示motif的第一个氨基酸在整个序列中的位置,后面的字母表示氨基酸序列.
 
N-glycosylation site
Casein kinase II phosphorylation site
Protein kinase C phosphorylation site
143 NDSK
198 NASS
 200 SSSE
243 SLFD
261 SLKE
273 SLLE
 74 SDK
261 SLK
N-myristoylation site
 
39 GIMMNV
73 GSDKGV
164 GGSIAV 		   
 
 
参考文献:
1.PHD: predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks.
2.Prediction of protein secondary structure at better than 70% accuracy
3.Topology prediction for helical transmembrane proteins at 86% accuracy
4.The PROSITE database, its status in 1999.