| 1.Background |
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1984年，Kalderon D等在对SV40 large T antigen的研究中发现，Lys－128及其周围的序列对SV40
large T antigen进入细胞核起着关键性的作用。将这段序列加到beta-galactosidase 和pyruvate kinase(两个典型的定位于细胞质中的蛋白)的C端可以使得这两个蛋白在细胞核中聚集，进一步的研究表明一段赖氨酸(Lys)和精氨酸(Arg)富集的片断PKKKRKV可以作为核定位信号序列(Kalderon
D, et al ,1984)。1991年，Dingwall C在总结前人实验的基础上提出 从现有的核信号序列可找到一个统一的bipartite
motif，并提出了确定bipartite motif的三条规则：(1) Two adjacent
basic amino acids (Arg or Lys)； (2) A
spacer region of any 10 residues；(3) At least three basic residues
(Arg or Lys) in the five positions after the spacer region.(Dingwall
C, et al, 1991)。56％已知核蛋白符合这个规则，4％的非核蛋白的序列对这三个规则给出了阳性结果(Dingwall
C, et al, 1991)。这个motif已经被收入prosite中，利用prosite进行motif预测的时候可以找出氨基酸序列中符合上述三个规则的部分。
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| 2.方法 |
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从NCBI获得5种冠状病毒nuclecapsid protein的氨基酸序列包括：Human coronavirus 229E,
Bovine coronavirus, Murine hepatitis virus, SARS virus, Avian infectious
bronchitis virus。将这些序列提交到prosite进行分析。 |
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| 3.结果与讨论 |
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Table 1列出了通过prosite的扫描在各个冠状病毒nucleocapsid protein 中找到的可能的Motif。ASN_GLYCOSYLATION，PKC_PHOSPHO_SITE，CK2_PHOSPHO_SITE
在各个N蛋白中均存在，这可能和其motif规则不很严格有关(prosite也说明这几个motif的规则不是很确定)，Bovine和SARS的都存在一个丝氨酸富集区，SARS的丝氨酸富集区与前文推断的
可能的RNA结合区重合。另外在SARS 病毒N蛋白的373-389以及374-390存在一个核转移信号序列(Table 1中用红色标出)，而在其它几种N蛋白中都不存在这样一个motif。这提示SARS病毒的N蛋白有可能可以进入到宿主细胞核中，考虑到N蛋白在病毒RNA的复制以及翻译中都有着比较重要的作用，那么是否有可能SARS病毒在侵入宿主细胞以后可以进入到细胞核中，并整合到宿主DNA中？当然，以上只是建立在N蛋白含有核转移信号序列的预测结果上的猜测。由于核转移信号序列的规则并不能适用所有的核蛋白，而且有小部分非核蛋白会有阳性结果，以及由于规则本身的不完善，有可能这部分预测并不和实际相同。但是，N蛋白中含有这段特殊序列提示我们，对SARS病毒N蛋白的功能和其在SARS发病中的意义还需要更进一步的研究。
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| Table 1.各种冠状病毒N蛋白Motif分析结果。(简写的意义请单击以后查看，单击绿色格子中的内容可以查看直接预测结果) |
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| 参考文献： |
| 1.A
short amino acid sequence able to specify nuclear location |
| 2.Nuclear
targeting sequences--a consensus? |
Last modified: 05/11/2003 |